进度计划项目管理工作主要流程为：指南确定及发布、项目申报受理、项目审查(包括形式审查、项目初审两部分主要内容，由相关业务处承担)、立项评估(包括现场调研、会议答辩、评估报告撰写等主要环节，由中介承担)、签定合同、在研管理、中期检查、验收管理、项目评价等主要环节。
1、项目申报受理
通过每年有针对性项目调研、整理、专家咨询、项目汇总等程序后最终确定每年计划项目申报指南，并在科技管理部门网站上对全社会公布。全省凡符合申报条件的单位都可申报，项目申请单位根据单位基础条件、人员优势、发展方向，确定项目内容及申报计划，依据指南要求编制可行性研究报告，并在规定时间内上报科技管理部门，科技管理部门相关业务处室接受项目申报材料，并进行登记、分类，同时报综合处室备案一份。
2、形式审查
项目受理后，由业务处室对项目进行形式审查，主要从以下几个方面对项目进行形式审查：(1)资格审查：申报项目是否属于本年度专项支持的范围，申报单位及推荐单位是否符合要求。(2)形式审查：报送的材料是否齐全、完整，文字、编写格式是否清楚并符合要求。(3)内容审查：申报单位、申报项目、推荐意见等内容是否符合指南要求，对指南申报条件是否响应(如产学研项目是否有应用示范单位)等。根据以上形式审查内容编制形式审查表，可一目了然地进行比校。
3、项目初评
通过形式审查项目，进入初评阶段，主要由业务处室按工作方案组织，最终结果由厅综合处室会同业务处讨论，形成最终进入评估阶段的项目清单，发文并在科技网上公布。
4、立项评估
根据项目计划管理要求，科技管理部门委托中介机构承担每年专项科技计划项目立项评审工作。中介组织按照评审的要求，组织相关技术、财务、管理专家对备选项目进行评审，并在综合分析专家论证意见、经费预算评审意见的基础上，由中介机构优选推荐项目，提交评审报告，为科技管理部门项目立项提供科学、客观的决策依据。
5、合同签定
合同签定是项目管理中重要的环节，依据为项目可行性研究报告、专家评估意见。合同是约束项目承担方、科技主管部门的合约，明确项目研发主要目标、经济技术指标、经费匹配及使用情况，是确保项目是否成功实施的重要文件。对已确定的科技计划项目，由业务部门、综合部门、项目承担单位、项目承担单位的科技主管四方签署。合同一经签定，既成为项目实施、经费划拨、项目检查、项目验收等项目管理工作的重要依据。
6、在研项目管理
在研项目管理主要由两种方式完成，业务处负贵项目日常管理，综合处室负责项目中期检查。业务处室对项目日常管理，实时掌握了解项目进展情况。并于每年对未验收项目进行集中年度执行情况检查评估，项目承担单位按项目实施情况填写《项目年度执行情况报告》，主管部门根据《项目年度执行情况报告》及实地调研，掌握了解项目进展情况，如项目进展顺利，将按时拨付经费，项目研发完成后，进行项目验收工作;如项目未按合同进度实施，管理人员将及时督促项目单位整改，寻找原因，加速项目实施，取得预定效果。项目中期评估主要是在专项中选择一批项目，由中介机构独立组织专家依据合同对项目实施情况进行检查，并综合专家意见及中介机构综合意见，对项目进行评价。
7、项目验收管理
项目合同到期后，按照科技计划项目管理办法，填写项目验收报告、编写项目技术、工作总结，由第三方进行项目测试，收集项目应用成果，由项目管理部门召开专家验收会议，从以下几个方面对项目进行验收：原定合同规定的研究开发内容及技术经济指标的完成情况;项目实施过程中所获成果的技术水平;项目实施的经济、社会效益及推广示范情况;项目经费(拨款、贷款、自筹等)落实及使用、还款情况;项目组成员的上岗工作及人才培养情况;项目实施的组织管理情况及经验教训总结;对项目选题立项及技术经济指标、技术路线的科学性进行后评估。