作为甲方，对项目的工程管理主要体现在投资、进度、质量、安全、文明施工、各单位的综合协调和各种社会关系处理上面。要做好这些工作，首先要建立一个高效的管理团队，配齐需要的各种管理人员。然后选择一套优秀的项目管理软件进行项目建设管理。
工程项目管理要求的7个核心业务处理模块：项目受理管理模块、评审论证管理模块、合同及经费管理模块、在研管理模块、验收管理模块、查询统计管理模块、项目综合评价管理模块。
1、项目申报受理管理模块
此模块用于项目单位通过互联网在线申报科技项目，并对项目首先进行系统自动形式审查。确认项目申报人上报的数据格式是否正确，内容是否完整;其次是项目申报人的归口科技部门(比如高校科研处、地市科技局)是否进行了资格审查并给出推荐意见;对项目申报人的资格和项目内容进行详细审查，确认是否正式受理该项目。如正式受理的项目进行项目受理库，未受理的项目由模块生成未受理通知，说明原因，并在30个工作日内通知项目申报单位，退回项目材料。
2、项目立项评估管理模块
此模块用于在评审标准确定的前提下，对项目进行多层次地评审，评审完毕后，系统会自动将专家们的评判结果汇总、排序，作为最终立项的重要参考，避免人情评审，客观公正，民主科学。项目评审所有结果记录在项目库中。科技管理部门依据这些结果，结合科技政策、产业政策，通过几个处室会审，厅统计汇总等工作程序，确定当年新列项目。立项项目进入在研项目管理，未立项项目继续放在项目备选库中。
3、合同及经费管理模块
此模块用于在项目评审结束并确定当年新列项目后，项目立项管理人员通过该模块向相应项目承担人分发通知，网上确认合同并进行签署。项目立项正式完成，项目进入项目库，进行执行期，每年项目经费划拨，同时每一个操作都作为证据保留在系统中。
4、项目在研管理模块
此模块用于项目管理人员对项目承担人实施的项目进度进行监控，以知晓项目进展情况，并确定其是否中途撤消或继续追加经费。根据需要可进行项目季度进展情况汇报、半年度进展情况汇报、年度进展情况汇报和实时汇报与监控。项目完成项目技术经济指标后，进行验收工作。
5、验收管理模块
项目完成技术经济指标后，项目承担单位准备材料，并向项目管理部门提出验收申请。由项目管理部门审核同意，组织专家进行验收。通过验收项目，研发形成的成果进入库。如项目超过合同执行时间半年以上者，由该模块形成合同到期项目清单，提醒项目管理人员了解项目情况，督促项目加快实施，完成合同规定经济技术指标。
·项目合同管理：管理与项目相关的合同信息以及收/付款计划;并在项目实施过程中分期录入实际收/付款记录;生成项目合同一览等统计报表
·项目问题管理：项目执行中各种问题从提出、分配、解决、跟踪到关闭的全过程闭环管理;形成项目问题库，是重要的参考知识，使问题经验得到不断累积和分享
·项目统计分析：根据项目类型、状态、时间区间等组合条件，对项目进行统计分析，系统生成统计图表;可根据需要自定义智能报表，为领导决策提供参考