泛普软件认为当前软件技术在水利工程造价管理中的应用已取得的一定成绩是有目共睹的，带来了很大的社会效益和经济效益，总体而言是利远远大于弊的。虽然还存在着某些缺陷，但是随着计算机应用技术及信息技术更好的发展及完善，这些缺陷是可以被减少到最低限度的。
(一)水利工程造价管理软件信息建设不健全
目前的水利工程造价管理信息系统，从应用的程度来看，由于缺乏国家强有力的政策支持与机制保障，特别是缺乏学科发展的政策扶持与资金投人，它的建设还没有可依据的全国统一的标准，大大降低其应具备的权威性。现已采集和积累的部门或地方水利工程造价信息，包括工程分类、材料分类、材料编码以及指标和价格的内容都是按照部门或地方习惯来划分的，仅适用于部门或地方，欠缺全国统一的标准依据。
(二)水利工程造价管理软件信息重复开发严重、层次低、水平不高
目前常用的造价管理软件，通常都只提供当地水利工程造价定额、指数、指标以及政策法规、材料价格等方面的信息;而且行业所需的集成性、综合性数据无法从许多分散的系统中提取，更谈不上信息共享，有的仅限于网页上数据的使用，没有做到与智能化数据库建设的有机结合，网页的维护和更新缓慢，信息时效性不强，服务的程度非常有限。所以，现有的水利工程造价管理信息系统频繁出现重复开发、水平不高、层次低等问题。
(三)水利工程造价管理软件在规划管理上还存在很大的缺陷
目前得到主流应用的水利工程造价管理软件，在规划管理上普遍暴露出以下几个问题：软件重复开发，造成软件产品多而杂，档次参差不齐;软件功能单一，或是服务于投资估算，或是应用于初步设计概算，开发与应用最多的是现行的预算软件、工程量计算软件，也只能用于计算工程量、预结算和快速投标报价使用，而不能很好地涵盖和服务于水利工程造价管理全过程、全方位的决策之用，在整体集成化上还有待于深化;接口性能差，商品软件之间数据交换困难;智能化程序不多，还不能够对水利工程造价信息进行分析、判断和科学预测、为决策提供准确的依据，实现对造价的动态管理。
(四)计算公式输出不规范，不符合手工计算习惯，难以阅读，不便于核对和查错
毕竟手工计算存在的时间较长，计算的人员已经掌握了其计算规则以及计算习惯。要重新接受软件化方式的计算，一时之间还很难接受，显然要求一些年事已高的老的预算员去重新学习软件不大可能。
而且有些声称能直接调用电子图档的软件，在实际应用中其效果不尽理想。由于绘图类软件种类繁多，标准不一，数据接口规范不尽统一，导致造价算量类软件在读入图纸时错误频出、难以阅读，修改量很大，使得其宣称的功能大打折扣，影响了软件的推广力度。