工程项目管理系统可分解为进度管理子系统、成本(投资)管理子系统、质量管理子系统和合同管理子系统等。工程项目管理软件的主要功能如下：
1、项目的定义
即对项目的总体和各个细节进行定义，通常包括：项目总体的定义，包括项目名称、代码、地点、企业名称、开始时间、限定结束时间、备注等;日历的定义，项目的各种工期、成本、资源等计划和控制都按日历进行的，可以小时、日、周、月作为计划单位;工程活动及其持续时间的定义，工程活动是网络的基本单元，有的软件包容许的工程活动数量有限制，有的则没有限制;成本的定义，对项目可以定义任意个成本项目，计划成本可以通过按工程活动或工作包的成本总额，成本额/单位时间，成本额/单位时间/成本项目等输入;资源的定义;逻辑关系的定义，对单代号搭接网络通常可以定义各种搭接关系，搭接时距可以定义为正、负、最大、最小和紧前活动完成程度(%)。
2、工期计划和控制
(1)网络计算，即计算各工程活动的各个时间参数，包括：最早开始和结束时间，最迟开始和结束时间，总时差和自由时差，报告关键线路。
(2)在最低层网络分析的基础上计算各个里程碑事件，各上层工作包、任务、子项目的时间参数。
(3)工程活动开始后，可以将各个活动的实际开始时间及完成程度输入，软件包可以计算己开始，但未结束活动的持续时间，并自动调整网络，计算各活动、任务、子项目、项目的完成程度，进行计划工期与实际工期对比分析，自动报告工期拖延。
(4)在项目执行过程中可以进行后期进度模拟，即预测最后进度状况。
3、成本计划和控制
成本计划和控制包括概算管理、合同实际发生成本维护、合同成本预测、价差管理、资金流、单价分析等，成本计划和控制的对象可以分为工程活动、工作包、任务、子项目、项目及各个成本项目。工期分析后可以做成本计划，包括统计计算各成本对象、成本项目在各时间段上的计划成本值、各计划期末的累计值、“时间一计划成本”曲线和项目的计划成本模型(S曲线)。在工程过程中，可以按月、季、年统计成本。按照实际施工进度可以计算实际成本完成程度和“计划一实际”成本偏差量，进行“实际一计划”成本对比，并预测项目结束时的成本状态。
4、资源计划与控制
这方面的功能与成本计划和控制功能相似。它计划和控制的对象是所定义的各种资源。此外还有：
(1)资源的优化，按用户定义的资源优先次序进行。优化主要考虑如下标准：活动的优先次序，活动持续时间长短，自由时差和总时差的大小等。
(2)可以输入实际资源的使用情况，进行资源的计划和实际对比。
(3)资源计划可以选择采用不同的分配模式，如平均分配、正态分配、梯形分配等。
5、质量管理
根据质量管理规范和标准控制每一质量控制单元的施工是否满足质量要求，包括质量检测标准、单元工程分解、工序检测记录、材料及试件检测记录、质量缺陷及事故的登记及处理、质量验收与评定等。